Fundado em 1880 por João Arroyo, o Orfeon iniciou os ensaios a 29 de outubro com o nome Sociedade Choral do Orpheon Académico. Apresentou-se ao público a 7 de dezembro do mesmo ano, por ocasião das comemorações do tricentenário da morte de Camões.
Diversos momentos históricos marcaram o desenvolvimento do Orfeon. No decorrer da 1ª Guerra Mundial, o organismo passou dificuldades no recrutamento de vozes. Tal deveu-se à participação portuguesa na mesma, que ocupou grande parte da juventude de então. Anos mais tarde, após o 25 de Abril de 1974, as características de uma população universitária em constante mutação refletiram-se em modificações internas do coro, incluindo a incorporação de vozes femininas.
Desde a sua fundação, o Orfeon já se apresentou um pouco por todo o mundo. Esteve presente em diversos países da Europa, América, África e Ásia. Já no território nacional, cantou um pouco por todo o continente e ilhas. Representou também Portugal ao mais alto nível no festival Europália 91, na Expo’98, na Unesco, e foi o primeiro coro Português a cantar na Basílica de S. Pedro, no Vaticano.
Foram ainda dinamizados dois grupos complementares ao coro. Um grupo de música popular portuguesa, e o Grupo Complementar de Fados de Coimbra, por onde passaram grandes nomes da canção de Coimbra, como Luís Góis e José Afonso, entre outros.